La diversité microbienne du vignoble et du raisin est un paramètre essentiel à prendre en compte lors du processus de vinification. Certains microorganismes qualifiés de flore microbienne d’altération peuvent en effet nuire à la qualité organoleptique du vin. C’est pour cette raison que des outils de contrôle microbiologiques sont utilisés.
Parmi eux, le dioxyde de soufre (SO₂) est le plus courant des antiseptiques utilisés mais il est de plus en plus identifié comme étant potentiellement néfaste à la santé (risque allergène). Le chitosan, dérivé de la chitine, est une molécule bien connue de l’industrie pharmaceutique. Il s’est montré être un substitut très efficace grâce à ses propriétés antibactériennes et antifongiques. Son action sur les flores indigènes du raisin et sa sélectivité étant néanmoins peu décrite, nous avons employé la métagénomique ciblée comme outil d’analyse pour étudier avec précision son impact sur les populations fongiques et bactériennes. Ceci nous a permis de valider l’efficacité d’une formulation à base de chitosan actif sélectionné (KTS® FA) comme outil de biocontrôle de la flore microbienne et une véritable alternative au SO₂.
La Métagénomique Ciblée
Technique de séquençage et d’analyse de l’ADN de plusieurs individus d’espèces différentes contenues dans un milieu, la métagénomique ciblée permet de donner la composition en espèces présentes, leurs abondances et leur diversité. Cette technique consiste à cibler un gène unique du génome et ne séquencer que celui-ci. Il doit alors être commun au groupe d’espèces que l’on cherche à identifier, tout en présentant des régions suffisamment variables d’une espèce à l’autre afin de les discriminer. Cette technique nous a permis de vérifier l’impact du KTS® FA sur les flores en présence, comme illustré sur la Figure 1.
Figure 1. Expression de la diversité des espèces fongiques d’un échantillon de moût avant et 24h après traitement. Comparaison entre KTS® FA et une bioprotection avec une souche de Metschnikowia pulcherima. Cette ACP montre l’impact de KTS® FA sur la diversité des espèces en présence .
Des essais menés en 2019 sur plusieurs types de matrices (Tableau 1.) ont permis de démontrer que KTS® FA réduit la diversité microbienne indigène de type levurienne de manière aussi efficace que le SO2.
Tableau 1. Matrices utilisées pour les essais, 2019.
Beaujolais, Gamay, Méthode Traditionnelle
Provence, Mourvèdre rosé, Pressurage direct
Minervois, Grenache, Méthode Traditionnelle
Minervois, Merlot, Méthode Traditionnelle
Minervois, Cabernet, Thermo vinification
On constate que la diversité levurienne moyenne au début de la fermentation diminue d’environ 25% après traitement au SO₂ et d’environ 56% après traitement avec KTS® FA (Figure 2.) sans avoir d’incidence sur le bon déroulement de la fermentation alcoolique et malolactique.
Figure 2. Evolution de la diversité levurienne au cours de la vinification. Comparaison des moyennes des échantillons des essais avant et après traitement au SO2 et avec KTS® FA. Résultats de l’analyse métagénomique.
Données provenant du service Innovation, Recherche et Développementdu Groupe Sofralab® - 2020-2021
